Mae Eglwys y Cysegr wedi ei lleoli ym mhentref Bethel, Arfon, ac yn rhan o Ofalaeth Glannau’r Saint, sef eglwysi’r Cysegr, Caeathro a Chapel y Rhos (Llanrug) o dan ofal y gweinidog y Parchedig Nerys Griffiths.

Cynhelir oedfa bob bore Sul am 10yb gydag ysgol Sul i’r plant yn y festri yn dilyn y gwasanaeth dechreuol. Defnyddir yr adeiladau yn rheolaidd i gyfarfodydd Clwb Bro Bethel, Cymdeithas Lenyddol Undebol, Cangen Merched y Wawr, Cylch Ti a Fi a phwyllgorau gwahanol fudiadau yn y pentref.